اهداف کلان در قالب برنامه ی 5 ساله از سال 1404 تا 1409:

1-تعیین شیوع و بروز بیماریهای تنفسی مرتبط با آلودگی هوا، تعیین بار بیماری های شایع تنفسی، تعیین میزان تاثیر انواع آلاینده های هوا بر شیوع و بروز بیماریهای تنفسی، تعیین نقش اختصاصی صنایع با توجه به قرار داشتن منطقه بعنوان قطب صنعتی در کشور در شیوع و بروز بیماریهای تنفسی

2-ارائه ی راهبرد در جهت کاهش بار بیماریهای تنفسی مرتبط با آلودگی هوا در سطح منطقه ای و ملی و بین المللی

3-ارتقاء کمی و کیفی فعالیتهای پژوهشی مرکز

4-ایجاد بانک داده های بالینی بیماریهای تنفسی 

5-بهبود شاخصهای ارزشیابی مرکز 

6-قطعی شدن مرکز در دو سال آینده